La ADFP aprobó el sistema del Descentralizado 2013, cuya primera fecha se disputará el 9 y el 10 de febrero. Los 16 clubes jugarán dos ruedas de 15 fechas y el club que resultara primero al cabo de las 30 jornadas clasificará a la Copa Libertadores como Perú 3. Si hay igualdad de puntos entre dos equipos se jugará un partido extra por el cupo copero.
Tras las 30 fechas, los clubes ingresarán con sus puntajes acumulados a la etapa de liguillas (ocho en grupo par y ocho en grupo impar). Los ganadores jugarán el play off por el título el 1 y el 8 de diciembre. De ser necesario habría un tercer tope en cancha neutral.
