Este juego presenta una historia original. Te permite controlar a Iron Man, Spiderman, Hulk, el Capitán América, Lobezno y muchos otros, quienes se unen para detener a Loki y a un grupo de villanos que quieren destruir al mundo. Poco a poco te irás apoderando de los 'ladrillos cósmicos', mientras viajas a través de Lego Manhattan y visitas los lugares más emblemáticos del famoso Universo Marvel, como la Torre Stark, el Asteroide M, una base Hidra y la Mansión X. La arquitectura de los personajes y de los lugares es muy peculiar.