Tras la difusión de Kony 2012, cuya popularidad creció no solo en YouTube sino también en las redes sociales, las críticas al documental ha aumentado en número y desde distintos frentes.
"Es el mensaje correcto, pero llega 15 años más tarde", declaró Félix Kulayige, portavoz del ejército ugandés, a CNN. El referido documental cuestiona el accionar de Joseph Kony, líder del Ejército de la Resistencia del Señor (Lord's Resistance Army, LRA), a quien se acusa de secuestrar a miles de niños y niñas.
Como bien cuenta Jose Miguel Catalaydu, en el blog África no es un país , "Kony y el LRA no están presentes en Uganda desde 2006 y ya desde antes la milicia estaba primariamente basada en el sur de Sudán y, desde 2005, en la zona noreste de la República Democrática del Congo (RDC)".
Para el colaborador de El País, el video da una imagen errónea de la realidad. "A pesar de lo que parece implicar el vídeo, el norte de Uganda no es una zona en guerra y, desde que la milicia lo abandonó por completo, ha ido recuperándose y la casi totalidad de las personas desplazadas por la violencia han regresado ya a sus hogares, campos y granjas".
Estas no son las únicas críticas a la ONG. En un artículo de noviembre del 2011, la publicación Foreign Affairs acusó a Invisible Children y otras organizaciones similares de inflar los números relacionados al conflicto con el propósito de exacerbar al público y las autoridades, incluso dejando de mencionar las atrocidades que el mismo gobierno de Uganda realiza, aunque ciertamente de menor magnitud que las hechas por el LRA.
