Han pasado 10 años desde que los agentes 'J' (Will Smith) y 'K' (Tommy Lee Jones) derrotaron a la malvada Seerleena. Pero, desde aquel suceso, la relación entre los agentes cambió. 'J' siente que 'K' ya no es el mismo y su intriga aumenta cuando el alienígena Boris amenaza la Tierra y lo obliga a viajar al año 1969. Allí conocerá al 'K' del pasado y más secretos del universo.
"Las películas de Hombres de Negro tratan de la relación entre 'J' y 'K'. Pero esta cinta aporta un aspecto interior, trata del origen de su relación. El concepto del filme estaba desde antes de la segunda entrega, pero necesitó tiempo", señaló Will Smith.