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Desde 1999 defendía en sus columnas a los delincuentes Calmell del Solar y a Moisés Wolfenson, quienes vendieron las líneas editoriales de sus medios a Montesinos. Fue asesor de Blanca Nélida Colán y Víctor Joy Way, condenados ambos por corrupción durante el fujimorato. En 2009, siendo presidente del Poder Judicial, Javier viajó a El Salvador representando al Poder Ejecutivo (Alan García). Ratificó el archivamiento del caso de falsificación de firmas de Perú 2000 (fallo de un juez montesinista) y anuló los cargos de malversación de fondos contra varios funcionarios del fujimorato.

Anuló el juicio contra Dionisio Romero por tráfico de influencias pese a los 'vladivideos' en los que aparece conspirando con Montesinos. Tras firmar varios convenios con el entonces presidente regional de Áncash –hoy preso por corrupción– para la construcción del edificio de la Corte Superior y la compra de camionetas para los jueces, se negó a asistir a la comisión investigadora del Congreso alegando "independencia de poderes". También impidió que declararan sus colegas. Absolvió al ex ministro aprista Aurelio Pastor del delito de tráfico de influencias por pedirle S/60 mil a la alcaldesa de Tocache para ayudarla con sus problemas legales usando sus influencias.

Ella grabó la conversación, pero Villa Stein dijo que Pastor solo estaba trabajando. En setiembre de 2016, Villa Stein absolvió a Elsa Cjuno, quien había captado a una niña de 14 años para ponerla a trabajar como dama de compañía en un bar de mineros ilegales en Madre de Dios. Como Cjuno le sugirió una única vez a la menor que se acostara con ellos y como ser dama de compañía no cansa porque solo hay que estar sentado, Villa Stein dejó ir a la tratante de menores. Mientras estuvo en el PJ, el patrimonio de Javier se incrementó en S/2 millones.