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Una de las más costosas manifestaciones de la variabilidad climática es la sequía.
Por definición, esta es la disminución continua y prolongada de las lluvias en una región determinada.
Hay sequías meteorológicas (cuando la lluvia es una fracción determinada de la que suele ser su promedio), agrícolas (cuando la falta de agua afecta los cultivos), etc.
El fenómeno de El Niño ha sido –generalmente– un forzante de sequías en la sierra sur y central; en algunos episodios, inclusive en la sierra norte.
Al llegar setiembre y con él, el inicio del año hidrológico o la temporada de lluvias, la configuración de El Niño en el Océano Pacífico nos eleva considerablemente el riesgo de una deficiencia en las lluvias andinas.
En los eventos importantes de El Niño, febrero, marzo y abril suelen ser los más afectados con la disminución de sus lluvias históricas. Esto es especialmente evidente en la sierra sur.
La mayor sequía moderna fue en 1992, en un episodio de moderado a fuerte de El Niño.
La vulnerabilidad a una sequía es muy alta y su impacto social muy extendido. Compromete el agro, la ganadería y el agua potable tanto de la sierra como de la costa, adonde finalmente los ríos llegan con muy poca agua.