El asesino confeso de Stephany Flores, el holandés Joran Van der Sloot, presentó una denuncia contra el Estado chileno por supuestamente haberle privado de su derecho de defensa y haber violado sus derechos humanos en el proceso de su extradición al Perú. En el documento, actualmente en evaluación en la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), se incluyen, entre otros funcionarios peruanos, al expresidente Alan García.
Según el documento presentado por la defensa de Van der Sloot, "hubo presión del entonces presidente García Pérez" hacia el gobierno chileno para conseguir la extradición del holandés, quien fue recluido en Arica después del asesinato.
En la demanda también se incluye al exministro del Interior, Octavio Salazar, los exjefes de la Policía César Guardia y Miguel Hidalgo, además del padre de su víctima, Ricardo Flores Chipoco.
La denuncia, actualmente en estudio, fue presentada ante la CIDH bajo la justificación de que la policía de investigaciones de Chile no le permitió acceder a su llamada telefónica, el uso de una computadora para comunicarse con su familia ni le otorgó garantías al debido proceso ni un abogado defensor.