Considerando que la puesta en marcha de los núcleos ejecutores implica el uso de recursos públicos, la Contraloría General participará en la evaluación y seguimiento de sus proyectos. Según un informe de este organismo, ellos desarrollarán una metodología que permita realizar esto con la finalidad de evitar errores del pasado. Según el contralor Fuad Khoury, si bien esta modalidad de inversión dio buenos resultados en gestiones anteriores, también se presentaron algunos errores, como destinar un porcentaje menor a las zonas de extrema pobreza o derivar recursos a jurisdicciones donde no había oficinas técnicas.